Nová etapa ve vývoji vojenské zdravotnické služby nastala samozřejmě po 28. říjnu 1918. V osmdesáti letech od tohoto data se v našich dějinách vystřídalo již několik naprosto odlišných vývojových období. První z nich bylo slibné, odehrálo se v demokratických podmínkách, i když mladá republika musela začínat více jak skromně. Bohužel první Československá republika existovala pouze 20 let. Její soumrak nastal paradoxně v době, kdy se plně rozbíhala i činnost v chloubě čs. vojenské zdravotnické služby - novostavbě Masarykovy vojenské nemocnice v Praze.
Páteř mírové vojenské zdravotnické služby v 1. ČSR tvořila síť 12 divizních (od 2. pol. 30. let sborových) nemocnic. Ve větších posádkách byly dále zřízeny posádkové nemocnice. Zdravotnická služba disponovala třemi sklady – Josefov , Hodonín, Liptovský Mikuláš. Přednostou vojenské zdravotnické služby byl téměř celou po dobu MUDr. Ludvík Fisher.
Před divizní nemocnicí č. 1, sídlící dále v objektech na Karlově náměstí, vyvstaly nové úkoly. Stala se hlavním vojenským zdravotnickým ústavem v republice. Od roku 1927, kdy byla založena Vojenská lékařská škola pro důstojníky zdravotnictva z povolání, zajišťovala podstatnou měrou její odbornou medicínskou výuku. Ze špičkových odborníků divizní nemocnice 1 se rekrutoval učitelský sbor školy. 
Významným milníkem na cestě k modernímu vojenskému zdravotnictví u nás bylo vybudování Ústavu pro válečnou chirurgii při I. chirurgické univerzitní klinice prof. Arnolda Jiráska. Rozhodnutí o stavbě nové pražské vojenské nemocnice vzešlo v roce 1925. Iniciovaly jej parlamentní kruhy, které tak pozdravily jubileum 75. narozenin prezidenta republiky. Národním shromážděním tak byl tak přijat zákon č.68/1925 Sb., kterým se k "Všeobecné nemocnici v Praze připojuje vojenská nemocnice v Praze II a zřizuje se Masarykova vojenská nemocnice".
Ministerstvu národní obrany se podařilo již v roce 1927 dohodnout koupi pozemků pro novou nemocnici v prostoru Břevnova - "Na Bateriích" o rozloze 13,60 hektarů. Konkrétní situace však dokonce spěla k naprosto jinému řešení: ministerstvo zdravotnictví se začne orientovat na novou výstavbu všeobecné nemocnice v Motole a vojenská správa si ponechá původní objekt na Karlově náměstí, provede v něm adaptace, včetně stavby nového chirurgického pavilonu. V roce 1935 měly práce začít. Dlužno podotknout, že do oddalování nové výstavby se promítaly jak úsporná opatření v působnosti ministerstva obrany, tak dopady hospodářské krize z počátku 30. let.
Ve stejném roce (1935) však nastal v řešení situace zásadní obrat. Vládním rozhodnutím byla stanovena odhadní cena za (15 mil. Kč) a v rozpočtu vyhražena částka na stavbu nemocnice nové.
Po více jak deseti letech od přijetí zákona o zřízení Masarykovy nemocnice stavba započala. Řídila se vítězným projektem Ing. arch. B. Adámka z Prahy Dejvic z roku 1930. Jeho návrh nejlépe splňoval představy zadavatele o nemocnici, která vedle role moderního medicínského centra plní úkoly vojenského kasárenského objektu s reálnými mobilizačními povinnostmi (a právě tuto prověrku podstoupila nemocnice velmi záhy po svém otevření - na podzim roku 1938).
