První zmínka o gynekologicko-porodnickém oddělení v rámci vojenské nemocnice v Praze byla již po první světové válce. Tehdy bylo součástí I. divizní nemocnice na Karlově náměstí (bývalá jezuitská kolej).
Do nově postavené Masarykovy nemocnice ve Střešovicích se v létě roku 1938 jako první přestěhovalo právě gynekologicko-porodnické oddělení. Přednostou tohoto oddělení byl generál MUDr. Ludvík Fisher, který zahájil provoz oddělení 30. 7. 1938. Den po otevření, 31. 7. 1938, se narodil první novorozenec v historii tohoto zařízení.
MUDr. Ludvík Fisher (1880 - 1945) byl po promoci na studijním pobytu v Berlíně, Londýně a Oxfordu. Od roku 1908 pracoval v Chicagu. Za první světové války byl spolupracovníkem prof. Dr. Masaryka. V roce 1918 byl prvním prezidentem "Národní rady československé" v Americe. Téhož roku odjel do Francie, kde se stal přednostou zdravotnické služby čs. legií ve Francii a Itálii. Od roku 1919 byl přednostou zdravotnické služby čs. Armády. V roce 1921 byl povýšen na plukovníka, v prosinci roku 1922 na generála zdravotnictva a v květnu 1928 na generála - šéfa. Přednostou zdravotnické služby byl až do roku 1939. Zemřel 19. 2. 1945 po zranění, které utrpěl při náletu na Prahu.
Dalším přednostou gynekologicko-porodnického oddělení se stal až do roku 1958 pplk. Arnold Kodíček. Tehdy bylo oddělení situováno do vnitřních křídel budovy III.
V lednu 1958 převzal jeho funkci pplk. František Pospíšil, který v hodnosti plukovníka odešel do zálohy v roce 1962 v souvislosti se zrušením gynekologicko-porodnického oddělení. Byl zřízen pouze gynekologický ordinariát s lůžkovým zázemím na urologii, který vedl pplk. Josef Blažek, dalším gynekologem byl o. z. MUDr. Miroslav Bavlnka. V roce 1978 nastoupila na místo ordináře gynekologie MUDr. Jana Čížková. Od roku 1991 do roku 1997 zde pracoval mjr. MUDr. Jan Lukáč.
V roce 1996 rozhodnutím vedení ÚVN bylo opětovně v návaznosti na předválečnou i poválečnou tradici zřízeno Gynekologické oddělení s plnohodnotnou ambulantní i lůžkovou péčí, avšak s ohledem na tehdejší aktuální (i současnou) s možností ošetřovat pouze dospělé pacienty, již bez porodnické části. Primářem se stal až do roku 2000 pplk. MUDr. Jiří Svárovský. Od dubna 2001 zastávala místo primáře gynekologického oddělení MUDr. Hana Kašpárková. Od roku 1998 je umístěno gynekologické oddělení v nové budově chirurgického pavilonu CH1. V letech 2011- 2015 zastával místo primáře MUDr. Vladimír Folauf.
Dnem 1.1. 2016 se na základě rozhodnutí Akademického senátu 3. Lékařské fakulty Univerzity Karlovy na návrh děkana 3.LF UK a ředitele ÚVN stala střešovická gynekologie pracovištěm 3. LF UK, z oddělení vznikla Gynekologická klinika 3. LF UK a ÚVN. Od roku 2016 do února 2023 byl přednostou kliniky doc. MUDr. Bohuslav Svoboda CSc.
Toto spojení bylo jedním z klíčových kroků na cestě k rozšíření medicínských i vzdělávacích možností pracoviště. Začlenění Gynekologického oddělení ÚVN mezi kliniky 3. LF UK vede k propojení se stávajícím pracovištěm 3. LF UK ve stejném oboru - Gynekologicko-porodnickou klinikou 3. LF UK a FNKV. Byla uzavřena smlova o spolupráci s Fakultní nemocnicí Královské Vinohrady, která zabezpečuje společné pregraduální vzdělávání posluchačů 3.LF UK a společné postrgraduální vzdělávání absolventů v oboru Gynekologie a porodnictví.
